Mit dem Beschluß zum Neubau des Rathauses 1614 begann Elias Holls größte und stattlichste Baumaßnahme. Zuerst erhöhte er 1615 den mittelalterlichen Perlachturm um ein offenes Glockengeschoß mit Zwiebelhaube und Laterne zur Aufnahme des Rathausgeläuts (Holl veränderte auch die bewegliche Michaelsfigur, das "Turamichele", im Perlachturm etwas).
Über die Erhöhung des Perlachturms gibt es auch eine Geschichte. Niemand wollte glauben, dass die Erhöhung des Perlachturms Erfolg haben sollte. Das kann doch nie im Leben gut gehen! Um zu beweisen, dass der Turm standhält, fasste Holl einen Entschluss. Kurzerhand ließ er seinen eigenen Sohn mit einer Art Aufzug den Turm hinauffahren. Die Menge hielt den Atem an. Der Kleine kam wohlbehalten oben an und auch sicher wieder runter. Somit hatte Holl den Beweis erbracht, dass der erhöhte Perlachturm auch Belastungen standhalten würde.
Der mächtige,kubische, über dem Abhang des Perlachs aufsteigende Baukörper des Rathauses stellt nicht nur eine technische Meisterleistung dar, sondern ist auch künstlerisch das eigenständigste und reifste Werk Holls. Dem klar und streng gegliederten Bau wurden 1618, in Abänderung des Plans, seitlich des Giebelhauses die beiden achteckigen Türme mit Zwiebelhauben, aufgesetzt. Die Bauarbeiten waren 1620 beendet. Schon seit 1619 hatte Matthias Kager (1575-1634 die Leitung für die umfangreiche Innenausstattung (bis 1624 ) inne. Der prächtigste Raum des Rathauses war, bis zu seiner Zerstörung 1944, der Goldene Saal. Die Bildfelder der reich vergoldeten hölzernen Kassettendecke füllten Matthias Kager und seine Mitarbeiter mit Darstellungen unter dem Generalthema der "Weisheit". Von den Malereien, die die Wände ehemals vollständig überzogen, haben nur ganz geringe Reste die Bomben und Brände von 1944 überstanden.
Elias Holl musste infolge der konfessionellen Wechsel im Stadtregiment während des Dreißigjährigen Kriegs sein Amt als Stadtwerkmeister zweimal, 1635 zugleich endgültig, aufgeben. Er wurde 1646 auf dem protestantischen Friedhof beim Roten Tor bestattet.
Der Dreißigjährige Krieg setzte nicht nur der Glanzzeit der städtischen Wirtschaft ein Ende, sondern auch der bedeutendsten Phase der Augsburger Kunstgeschichte.
